به گزارش بخش سیاسی سایت  به نقل از جماران، یادگار امام در پی نامه سرگشاده اخیر آیت الله یزدی به آیت الله شبیری زنجانی، طی نامه ای به این مرجع عالیقدر شیعه اظهار داشت: اگر چه حوادث تلخ این روزها جان های شاگردان و ارادتمندان حضرتعالی را رنجاند و عواطف مومنان را جریحه دار ساخت، ولی در خود ثمره مبارکی هم داشت که همان حسن توجه به ضرورت استقلال حوزه های علمیه و حفظ نظام جمهوری اسلامی با محافظت از جایگاه مرجعیت عالی شیعیان است. 
در این نامه آمده است: اگر به دیده قبول بنگرید، حقیر خود را شاگرد شما می دانم و همچون مرحوم والد، سال ها در درس ها و مباحث مربوطه حاضر بوده ام. علاوه بر آن ، به سبب علقه و رابطه عمیق حضرت امام(ره) و والد بزرگوارتان که به تعبیر جنابعالی، همدلی و رفاقت دو بیت مرجعیت را به بیش از هفتاد سال کشانده است، تاسف شدید خود را از اسائه ادبی که به ساحتتان شده ابراز می دارم.
سید حسن خمینی در این نامه می افزاید: اما آنچه مزید بر این امور ظاهری که مطمئنم خللی نیز در روح بلند شما پدید نمی آورد ، حائز اهمیت بوده و لازم است مورد توجه اهل علم واقع شود، استدلال ناتمامی است که در نامه جناب آیت الله یزدی به آن اشاره شده است.
وی می افزاید: حقیقت آن است که نظام جمهوری اسلامی ثمره همه مجاهدات عالمان مسلمان و مجاهدان راه عزت و سربلندی است و به همین سبب صیانت از آن از اوجب واجبات است. اما نکته آنجا است که حفظ این مهم نه تنها به ذوب شدن روحانیت شیعه در حکومت وابسته نیست، بلکه تنها با استقلال حوزه و مرجعیت از دولت ها میسر است.
یادگار امام در این نامه تاکید کرد: وجود عالمان وارسته ای که مردم همواره آنان را ملجأ و مأوای خود بدانند و در سختی ها و شدائد به آنان مراجعه کنند، همواره راه حفظ اسلام و جمهوری اسلامی برای حال و آینده است.
وی بیان می کند: در این میان صد البته ممکن است نظری با نظری مخالف باشد ، ولی هرگز نباید این مسیر به توهین و تحکم و بالانشینی منجر شود.
وی در این نامه می افزاید:آنچه این روزها می تواند توجه ها را به خود معطوف نماید، جدای از تأکید بر مرتبت عالی حضرتعالی در میان حوزویان و اهل علم، ضرورت استقلال حوزه ها برای بقای کیان شیعه و به جهت حفظ نظام اسلامی است.

به گزارش ایرنا، رسانه رسمی حوزه علمیه و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، متن تندی را در قالب نامه سرگشاده آیت الله محمد یزدی به آیت الله العظمی شبیری زنجانی منتشر کرده است.
در این نامه که با ادبیاتی تند و کم سابقه از یک استاد حوزه خطاب به یکی از برجسته ترین مراجع تقلید شیعه نگاشته شده، رییس جامعه مدرسین آیت الله شبیری را به دلیل انتشار تصاویری در فضای مجازی از ایشان در کنار برخی افراد به گفته آیت الله یزدی« مسئله دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری«دام ظله العالی» احترامی قائل نیستند» مورد انتقاد قرار داده و گفته که، این موضوع ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان را در پی داشته است.
طبق گزارش خبرگزاری حوزه اشاره آیت الله یزدی به دیدار چندی پیش این مرجع تقلید با رییس دولت اصلاحات، موسوی خویینی‌ها، عبدالله نوری و چند تن دیگر است.
آقای یزدی در ادامه یکی از دلایل ناراحتی خود را این گونه بیان کرده که چگونه آیت الله شبیری که«’فرصتی برای ملاقات با هیات رییسه مجمع عمومی اساتید را ندارد، فرصت می‌کند در منزل آقایی در تهران حاضر شود و با آنها ملاقات داشته باشد.»
وی در پایان اظهار کرده که «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است» و به ایشان هشدار داده که « این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد»’

این خبر ابراز تأسف سید حسن خمینی از اسائه ادب به آیت الله شبیری اولین بار در پدیدار شد.