پدر او آیت‌الله حاج شیخ محمدرضا تنکابنی (متولد ۱۲۸۲ هجری قمری)، فرزند شیخ محمد واعظ تنکابنی، از علمای برجستهٔ تهران بود. وی شش سال در محضر فقهی میرزا حبیب الله رشتی (م ۱۳۱۲ قمری) زانو زد، خارج فقه را نزد آیت‌الله سید محمدکاظم طباطبایی یزدی (م ۱۳۳۷ قمری) آموخت، دو دوره کامل درس خارج اصول فقه آخوند خراسانی (م ۱۳۲۹ قمری) را درک کرد و از وی اجازهٔ اجتهاد گرفت و در اخلاق و سلوک نیز از مجالس عرفانی آیت‌الله حاج ملا حسینقلی همدانی (م ۱۳۱۱ قمری) بهره برد؛ از همین رو عالمی جامع و کامل، انسانی آرام و ساده زیست و به شدت مورد توجه خواص و ارادت عموم مردم به شمار می‌آمد. آیت‌الله میرزا علی فلسفی، کودکی و مراحل تحصیل ابتدایی را در تهران گذراند و نخستین آموزش‌های معمول حوزوی را در نزد پدر و برادر ارشدش میرزا ابوالقاسم آموخت. آن گاه ادبیات را در مدرسهٔ فیلسوف الدوله پی گرفت.
شرح جامی و شمسیه را نزد استاد فاضلی به نام شیخ حسین نوایی آموخت. سپس کتاب‌های مغنی و شرح نظام را در مدرسه محمدیه (مقابل مسجد جامع تهران) در محضر شیخ محمدحسین بروجردی و سید محمد قصیر فراگرفت و پس از آن برای آموختن مقدمات اصول و فقه به مدرسهٔ مروی رفت. اما برای تحکیم پایه‌های علمی خویش و خواندن کتاب‌های رسائل و مکاسب، از محضر پدر استفاده کرد. در سال ۱۳۲۴ خورشیدی با اتمام کتاب‌های سطح حوزه و برای ادامهٔ تحصیل خارج فقه و اصول در حالی که بیش از ۲۵ سال نداشت، به پیشنهاد پدر، به تنهایی راهی نجف اشرف شد و در حجرهٔ یک نفره در مدرسهٔ سید محمد کاظم یزدی سکنی گزید. گفتنی است که وی، دکتر ابوالقاسم گرجی ، آیت‌الله وحید خراسانی، آیت‌الله سیدتقی قمی و آیت‌الله شیخ علی اصغر شاهرودی را به عنوان هم مباحثه برگزید.
در نجف اشرف، شیوه‌های تدریس بزرگانی چون آیات سید عبدالهادی شیرازی (م ۱۳۸۲ قمری)، سید محمود شاهرودی (م ۱۳۹۵ قمری) و شیخ کاظم شیرازی (م ۱۳۶۷ قمری) را آزمود، اما سرانجام محفل درسآیه الله حاج شیخ محمد علی کاظمینی (م ۱۳۶۴ قمری) از برجسته‌ترین شاگردان آیت‌الله نائینی را پسندید که روزها در مقبرهٔ میرزای شیرازی درس فقه می‌گفت و شب‌ها بر پشت بام مسجد هندی درس اصول می‌داد. چند سالی در این هر دودرس به دانش اندوزی پرداخت و تقریرات دروس او را نوشت. پس از درگذشت استاد، نخست به درس مرجع بزرگ زمان، آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی رفت، که بر جنازه کاظمینی نماز خوانده بود، اما حضور در این درس دیری نپایید و از آن پس به مجلس درس آیت‌الله العظمی سید ابوالقاسم خوئی رفت و تا پایان زمان اقامت در نجف، هیچ گاه حضور در آن را از دست نداد. دو دوره درس اصول فقه و کتاب‌هایی چند از ابواب فقه را نزد آن استاد بزرگ آموخت که پس از رحلت کاظمینی محفل علمی او در اوج شکوفایی و رونق قرار داشت.
آیت‌الله میرزا علی فلسفی، یکی از برجسته‌ترین درس آموزان مکتب آیت‌الله خوئی است که پیوسته تقریرات درس وی را می‌نوشت و استاد گاه خود با قلم خویش، مهر تائیدی بر پایان آن می‌نهاد یا کسانی را که مباحث مکتوب فقهی او را می‌خواستند به جزوه‌های آن شاگرد برجسته اش ارجاع می‌داد. همین ویژگی‌های علمی و مراتب فضل و کمال بود که سبب شد هنگام بازگشت آیت‌الله فلسفی به تهران، اجازهٔ اجتهادی از سوی مرجع بزرگ شیعه حضرت آیت‌الله خوئی به نام وی صادر شود. این گواهی ارزشمند که بدون اطلاع شخصی وی شرف صدور یافته بود، نخستین اجازه نامه‌است که از سوی حضرت آیت‌الله خوئی به نام یکی از شاگردانش نوشته شده‌است و با این که به دلیل پیشگیری از صدور اجازه‌هایی از این دست، سعی بر کتمان آن بود، دیری پنهان نماند.
چندی نیز در محضر استاد مرحوم آقاشیخ صدرا، به خواندن اسفار پرداخت و رجال و درایه را نیز در جلسات درسی شیخ آقا بزرگ تهرانی (م ۱۳۸۹ قمری) فرا گرفت؛ هر چند این دو درس، یکی به دلیل عدم توجه به مباحث فلسفی در حوزهٔ نجف، و دیگری به دلیل کهولت سن استاد دیری نپائید. به پیروی از شیوه‌ای سازنده، هم زمان با تحصیل، در سایهٔ دیوار پشت بام مدرسهٔ سید محمد کاظم یزدی، به تدریس آموخته‌های خود نیز پرداخت. تدریس را از کتاب شرح لمعه آغاز کرد و تا کتاب‌های رسائل و مکاسب و کفایه الاصول نیز پیش رفت. بیان روان و شیوای وی، و تسلط علمی فوق العاده بر مبانی علمی، شاگردان بسیاری را به مجلس درس او کشانید و درس کفایه او از پر رونق‌ترین دروس آن روزگار نجف به شمار می‌آمد؛ چندان که مدرسان حوزهٔ نجف او را برخوردار از جادوی بیان دانستند و استادش آیت‌الله خوئی، با مشاهدهٔ فراوانی شاگردان وی، او را به ماندن در نجف و ادامهٔ تدریس تشویق فرمود.
مهاجرت به مشهد
در آن سال‌ها حوزهٔ علمیهٔ مشهد در کنار حوزه‌های نجف و قم از حضور مراجع بزرگ بهره مند بود و اساتید با تدریس دروس سطح و خارج، برنشاط و پویایی آن می‌افزودند. در یکی از سفرهای زیارتی به مشهد، آیت‌الله میلانی (م ۱۳۹۵ قمری) فرزند خود و یکی دیگر از آقایان را نزد آیت‌الله فلسفی فرستاد و از وی خواست که به منظور رونق بخشیدن به حوزهٔ علمیه مشهد و رفع نیازهای علمی طلاب، به ویژه با توجه به تصمیم آیت‌الله وحید خراسانی برای عزیمت به قم، جماعت و تدریس در تهران را رها سازد و به مشهد کوچ کند. شوق زیستن در کنار بارگاه رضوی و احساس مسئولیت در برابر مشتاقانی که در حوزهٔ مشهد گرد آمده و انتظار نشستن در محضر وی را می‌کشیدند، او را به این شهر گرامی کشاند.
نخست، مسجدی در کوچهٔ چراغ برق را برای تدریس خارج انتخاب کرد. با حضور وی در مشهد، جان تازه‌ای به کالبد حوزهٔ مشهد دمیده شد و صدها تن از طلاب علاقه‌مند در محضر درس ایشان حاضر شدند؛ چندان که محفل دانش گستر او در مدرس اصلی مدرسهٔ میرزا جعفر، سپس مسجد ملاحیدر و سرانجام در مدرسهٔ آیت‌الله خوئی، به پر رونق‌ترین درس‌های حوزوی بدل گشت. پس از ۸۵ سال زندگی، مقارن اذان ظهر روز تاسوعای سال ۱۴۲۷ قمری، برابر با ۱۹ بهمن ۱۳۸۴ خورشیدی، درگذشت و صبح روز جمعه یازدهم محرم، پیکر ایشان پس از اقامهٔ نماز توسط دوست دیرینش آیت‌الله وحید خراسانی، در رواق دارالسرور و در کنار آیت‌الله میرزا حسنعلی مروارید که حدود یک سال پیش درگذشته بود، به خاک سپرده شد.
