در مورد خطرات زگیل تناسلی، مطالب زیادی گفته شده و پژوهش های زیادی صورت گرفته است. امروزه از طرفی به دلیل شیوع روابط جنسی غیر ایمن، و از طرفی به دلیل اینکه زگیل تناسلی یک بیماری پوستی است، و از آنجایی که کاندوم تمام سطح تناسلی را نمی پوشاند، لذا اگر چه کاندوم میزان انتقال این بیماری را کم می کند، ولی بطور کامل از انتقال پیشگیری نمی کند. به همین دلیل برای افرادی که به هر دلیل سکس غیر ایمن دارند، همیشه نه تنها نگرانی از ابتلای به این ویروس و بیماری وجود دارد، بلکه در افراد مبتلا، همیشه این نگرانی هم وجود دارد که ممکن است بیماری را به فرد دیگری منتقل کنند.
خیلی از افراد مبتلا ذکر می کنند که سال ها با یک شریک جنسی بوده اند و از ابتلای به زگیل تناسلی متعجب و حیران می شوند. به این افراد بایستی گفت، اگر چه داشتن شرکای جنسی متعدد هم، شانس ابتلای به این بیماری را بیشتر می کند، ولی حتی داشتن یک شریک جنسی آلوده هم، برای ابتلای به این بیماری کافی است و از آنجایی که خیلی اوقات افراد ناقل ویروس هستند و زائده ای ندارند، لذا نداشتن زگیل بر روی بدن و حتی منفی بودن تست HPV PCR و پاپ اسمیر از دهانه رحم، به این دلیل نیست که الزاما زن مبتلای به این بیماری نیست، چرا که ممکن است دیگر نواحی تناسلی مبتلا باشد، یعنی نواحی که نمونه گیری نمی شود. در مورد مردان هم که آزمایش مورد اعتمادی وجود ندارد.
